為了給最疼愛的小老弟菜鳥(克里斯多夫·奈茨 飾)（克里斯多夫·奈茨 Christopher Knights 配音）慶生，老大(湯姆·麥格拉思 飾)（湯姆·麥格拉思 Tom McGrath 配音）帶領(lǐng)菜鳥以及好搭檔科斯基(克里斯·米勒 飾)（克里斯·米勒 Chris Miller 配音）、瑞哥闖入了防守最嚴(yán)密的美國(guó)黃金儲(chǔ)備中心，只為找到金庫(kù)盡頭僅有的那臺(tái)銷售炸薯?xiàng)l的自動(dòng)販賣機(jī)。誰(shuí)知他們剛剛完成任務(wù)沒多久，便被長(zhǎng)著觸角的販賣機(jī)吞了進(jìn)去，隨后被運(yùn)到一個(gè)神秘的所在。在全封閉的設(shè)施內(nèi)，四只企鵝見到了偽裝成基因遺傳科學(xué)家的章魚戴夫(飾)（約翰·馬爾科維奇 John Malkovich 配音）。原來(lái)戴夫曾是動(dòng)物園一只明星章魚，但隨著萌態(tài)十足的企鵝們的到來(lái)，他便跌入了絕望的深谷。因此戴夫潛心研制了可怕的血清，發(fā)誓要向所有他曾待過(guò)的動(dòng)物園中的企鵝展開報(bào)復(fù)?！　±洗蠛突锇閭?cè)谔油鐾局械玫奖憋L(fēng)特工隊(duì)的救助，而他們和這些高傲的特工隊(duì)員將分別阻止戴夫的陰謀……